Hệ thống xử lý trước khi hoạt động phải được kiểm tra tổng thể về an toàn vận hành. Quá trình vận hành được thực hiện bới các kỹ sư thiết kế, các chuyên gia và công nhân vận hành.
Bùn vi sinh hoạt tính hiện nay là phương pháp xử lý nước thải ưu việt, vì chi phí vận hành và đầu tư thấp, bùn vi sinh có thể ở dạng rắn, sệt hoặc lỏng